По данным контрразведчиков, Красников в 2008 году совершил служебный подлог и злоупотребление должностными полномочиями при следующих обстоятельствах. По итогам открытого аукциона со строительной фирмой «Проспект» был заключен муниципальный контракт на строительство кабельной ЛЭП. При этом на сооружение объекта были выделены средства из федеральной программы по финансированию передовых научно-производственных центров, к которым отнесен наукоград Кольцово.
В октябре 2008 года ООО «Проспект» отчиталось перед администрацией о выполненных работах, в том числе за поставку кабеля для ЛЭП на сумму свыше 8 млн рублей, хотя по факту кабель поставлен не был. Несмотря на это, Николай Красников распорядился перечислить деньги в размере свыше 8 млн рублей на счет строительной фирмы.
В апреле текущего года факт незаконного перечисления денежных средств был выявлен в ходе проверки администрации наукограда региональным управлением Росфиннадзора. По результатам данной проверки Красников выставил задолженность ООО «Проспект» перед администрацией Кольцово, однако не применил в отношении фирмы предусмотренные по договору санкции, в результате чего в пользу бюджета поселка не было взыскано 635 тысяч рублей. Более того, Красников содействовал руководству ООО «Проспект» в сокрытии факта неисполнения договорных обязательств путем составления задним числом документов по приобретению кабеля в октябре 2008 года.
В настоящее время следственным управлением Следственного комитета при прокуратуре РФ по Новосибирской области в отношении Николая Красникова возбуждено уголовное дело по ч.2 ст.292 («служебный подлог») и ч.2 ст.285 УК РФ («злоупотребление должностными полномочиями»), в рамках которого проводятся следственные действия.