В июне 2023 года суд признал академика Асеева виновным в мошенничестве в особо крупном размере. Уголовное дело возбудили в связи с незаконной приватизацией коттеджа на улице Мальцева стоимостью 45 миллионов рублей. Асеева приговорили к четырем годам лишения свободы условно, также суд постановил вернуть коттедж в госсобственность и взыскать с академика штраф в размере 500 тысяч рублей. Сейчас экс-глава СО РАН и его дочь пытаются обжаловать приговор.
Совет депутатов Новосибирска постановил лишить Асеева звания почетного жителя города, которое было присвоено ему в 2018 году. Горсовет опубликовал проект решения, которое вступит силу в день подписания.