Молекулярно-генетические методы диагностики онкологических заболеваний используют для выявления нарушений в генах, которые становятся причинами заболеваний. Сейчас для выявления мутаций наиболее эффективно таргетное секвенирование – этот метод позволяет одновременно исследовать множество областей генома, нарушения в которых могут быть связаны с развитием онкологических заболеваний.
Один из необходимых компонентов для проведения генетического анализа с использованием таргетного секвенирования – это набор олигонуклеотидов – коротких фрагментов ДНК. Для одного анализа могут понадобиться сотни тысяч различных олигонуклеотидов.
В ПИШ НГУ разработали программу OligoDesigner, которая позволяет проводить дизайн олигонуклеотидов для таргетного секвенирования. Программа формирует готовый файл с нуклеотидными последовательностями, который передается в специализированную организацию для синтеза олигонуклеотидов.
OligoDesigner также может использоваться для улучшения существующих панелей путем добавления в них новых олигонуклеотидов.
Программа представляет собой приложение для Windows с интуитивным интерфейсом, которое позволяет создавать файлы с последовательностями олигонуклеотидов для использования в тест-системах и анализе генов и мутаций. Это позволяет снизить стоимость проведения анализов. Программу смогут использовать врачи клинико-лабораторной диагностики в онкоцентрах.
