По версии следствия, Сергей Боярский в период с 28 апреля по 31 декабря 2009 в нарушение бюджетного законодательства и подзаконных нормативных актов израсходовал по нецелевому назначению бюджетные средства на сумму 4 703 959 рублей.
По факту нецелевого использования бюджетных средств Новосибирским межрайонным следственным отделом возбуждено уголовное дело по признакам преступления, предусмотренного ч. 1 ст. 285.1 УК РФ – нецелевое расходование бюджетных средств, т.е. расходование бюджетных средств должностным лицом получателя бюджетных средств на цели, не соответствующие условиям их получения, определенным утвержденным бюджетом, бюджетной росписью, уведомлением о бюджетных ассигнованиях, сметой доходов и расходов либо иным документом, являющимся основанием для получения бюджетных средств, совершенное в крупном размере.
В настоящее время следственными органами СКП РФ по НСО совместно с оперативными службами ГУВД по НСО и УФСБ России по НСО выполняются необходимые следственные действия, направленные на сбор и закрепление доказательств по уголовному делу, выясняются все обстоятельства совершенного преступления.