Результаты были получены благодаря платформе обработки и анализа полногеномных исследований, созданной в ИЦиГ. Анализ геномов разных пород позволяет выявлять гены и их варианты, которые связаны с конкретными признаками животных. Эти данные могут использоваться для отбора маркеров для селекции желаемых признаков или кандидатов мишеней для редактирования генома.
Платформа GWAS-MAP|ovis позволяет проводить агрегацию, унификацию, визуализацию результатов полногеномных исследований овец и дополнительно анализировать эти данные. Такой подход позволил найти 12 локусов, связанных с мясной продуктивностью овец, восемь из которых выявили впервые, сообщила в среду пресс-служба института.
«Самым популярным продуктом овцеводства является именно мясо, хотя до недавнего времени в селекции овец больше внимания уделялось признакам, связанным с качеством шерсти. В отличие от крупного рогатого скота, сведений о локусах и генах овец, ассоциированных с различными экономически важными признаками, известно существенно меньше», – прокомментировал младший научный сотрудник Александр Злобин.
При наполнении платформы исследователи столкнулись с отсутствием доступа к полногеномным данным в опубликованных статьях. Только одно исследование из 46 предоставило доступ к полногеномным данным в нужном формате.
«Также одной из проблем было отсутствие общепринятых стандартов для проведения полногеномных исследований ассоциаций овец, каждый исследователь выбирал свои собственные стандарты и ограничения», – рассказал Злобин.
В результате ученые наполнили платформу GWAS-MAP|ovi унифицированными данными, прошедшими «контроль качества». Их анализ и позволил обнаружить новые локусы, для которых выявлено 13 генов, которые потенциально могут регулировать признаки мясной продуктивности.
Ученые уже применили созданную платформу для оценки племенной ценности российских пород овец. Полученные данные сопоставили с реальными данными о 94 животных – гибридах романовской породы овец и архара – и подтвердили высокий предсказательный потенциал созданной платформы.