Научные интересы С.К. Брахмачари лежат в области изучения структуры ДНК и геномного анализа. Он является директором Совета по Научным и Индустриальным Исследованиям (CSIR) и директором входящего в эту организацию ключевого Института Геномики и Интегративной Биологии (IGIB). Институт ведет работы по геномике, молекулярной медицине, биоинформатике, протеомике и биотехнологии, связанной с влиянием окружающей среды.
Финансирование CSIR в размере 38 миллионов долларов было получено из различных государственных и негосударственных источников, а также благотворительных пожертвований частных лиц.
Основная идея профессора Брахмачари состоит в том, что разработка новых лекарственных средств должна стать общей задачей международного научного сообщества. Причем полученные знания должны стать всеобщим достоянием, а не фармацевтических компаний, которые извлекают из них суперприбыли.
Индийский ученый является руководителем первого в своем роде интернет-ресурса – Открытого Источника Изучения Новых Лекарственных средств – Open Source Drug Discovery (OSDD). Этот проект инициирован в Индии в 2009 году, и за первые 14 месяцев более 2000 исследователей стали зарегистрированными пользователями этого портала.
Исследования OSDD в первую очередь направлены на поиск новых эффективных лекарств против туберкулеза, особенно против одной из его форм, нечувствительной к антибиотикам. Такой интерес вызван несколькими факторами. Во-первых, туберкулез достаточно широко распространен в Индии и других странах азиатского региона, где большинство населения обладает низкими доходами. С другой стороны, на разработку новых средств против туберкулеза крупнейшие фармацевтические компании тратят незначительные финансовые ресурсы, поскольку мировой рынок их потребления относительно невелик в сравнении, например, с рынком лекарств против раковых или сердечно-сосудистых заболеваний.
По результатам встречи был подписан меморандум о сотрудничестве CSIR и СО РАН по двум направлениям: изучение новых открытых источников энергии (в первую очередь основанных на использовании солнечного излучения) и разработка новых лекарственных средств методами современной биоинформатики в формате открытого для пользователей доступа.