Кроме того, из законопроекта убрано предложение о ликвидации Российской академии наук, Российской академии медицинских наук и Российской академии сельскохозяйственных наук. Все эти академии войдут в новую структуру в качестве самостоятельных юридических лиц, а научные институты Академии, согласно поправкам, останутся в структуре РАН. Новая Академия наук станет государственным бюджетным учреждением, а не общественной организацией.
При этом имущественными вопросами будет заниматься специальное агентство (его главой будет президент РАН), а сетевое управление институтами будет в ведении РАН. Двухступенчатая система, состоящая из академиков и членов-корреспондентов, сохранится на три года.