Как следует из заявления Виктора Опарина, распространенного в СМИ, 17 мая 2013 года было выпущено распоряжение Президиума СО РАН о прекращении трудового договора. По мнению г-на Опарина, «данное решение входит в противоречие с утверждённой Российской академией наук процедурой выборов директоров институтов. Руководство Президиума Сибирского отделения РАН своими решениями сорвало принятую в Сибирском отделении РАН процедуру выборов директора Института горного дела СО РАН, проигнорировав мнение коллектива института, выраженное на прошедшей в апреле с. г. конференции научных сотрудников ИГД СО РАН», которые поддержали его кандидатуру.
В свою очередь, в Президиуме СО РАН считают, что именно на упомянутой в заявлении для СМИ конференции была нарушена процедура выборов. В частности, для участия в конференции не были допущены и, соответственно, не были рассмотрены кандидатуры альтернативных кандидатов. По этой причине конференция была признана нелегитимной, выборы директора будут повторно проведены в конце текущего года. До новых выборов временно исполняющим обязанности директора ИГД СО РАН назначен один из заместителей Виктора Опарина.